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一說系烏萇國英迪拉菩提（印度金剛乘始祖，著有《秘密集會》）之子。

初名蓮花光明，後通曉聲明及各種明處，得名蓮花金剛。

旋又依一真言阿闍黎寂色學事、行、瑜伽三部密法得密號為蓮花生。

其後又從瑜伽師 及瑜伽母樂持學無上部法。他曾周遊印度廣訪密法大師，成為佛吉祥智的四個證得現法涅盤的弟子之一（另外三人為燃燈賢、極寂友、王種羅?羅）。

他又從吉禪師子學法。據智慧海王所著《蓮花生傳》載，他又從吉祥師子學大圓滿法以後曾到中國的五臺山學習天文歷數。他的上師佛吉祥智也曾立志朝禮五台，他的同學無垢友也到過漢地。所以蓮花生一派傳授的教法有很濃厚的漢地禪宗色彩。吐蕃赤德祖贊即位後，由寂護舉薦入藏傳法。他入藏的時間，近代學者多方考證，結論不一。據智慧海王所述年月推算，他於750年由印度啟行至尼泊爾，752年至拉薩，秋季開始建桑耶寺，754年建成。761-774年組織翻譯。約于804年離藏，在印度的達羅毗荼傳法建寺達12年之久。晚年不知所終。

由於他對藏傳佛教所作的巨大貢獻，受到各宗派的共同敬仰。他在吐蕃培養造就人才很多，傳說其中得到密宗悉地的，有贊普和臣民25人，如虛空藏、佛智、遍照、玉紮寧波、智童、柱德積等人均為當時有名的譯師。 著述收入甘珠爾及丹珠爾的有8種。寧瑪派的密部經典由他主譯的很多。

後世掘藏派在山岩石窟中發現的經典多數題為他的著作，但只由本派傳授，未收入藏文大藏經。